Наиболее частой причиной пневмоний является Streptococcus pneumonia (20-60%). Однако все большее значение среди этиологических факторов пневмонии в последние годы придается возбудителям атипичных пневмоний, прежде всего Mycoplasma pneumoniae и Chlamydophila (Chlamydia) pneumoniae

Термин «атипичная пневмония» появился в 40-е годы, задолго до развития последней пандемии «тяжелого острого респираторного синдрома», впервые отмеченного в ноябре 2002 года в провинции Гуандун (КНР), и использовался при интерстициальных или сегментарных поражениях более легкого течения, чем бактериальные пневмонии.
Характерными признаками «атипичной пневмонии» считали невозможность выделения культуры возбудителя и отсутствие терапевтического эффекта от пенициллина и сульфаниламидов. Сегодня атипичными называют пневмонии, вызванные различными возбудителями, включая вирусы, риккетсии, микоплазму, хламидии, легионеллы. В последние годы из этиологических агентов наибольшее значение придают микоплазме и хламидиям.
Mycoplasma pneumoniae и Chlamydophila pneumoniae являются внутриклеточными возбудителями и, по мнению ряда исследователей, могут длительно персистировать в клетках эпителия, лимфоглоточном кольце, способствовать аллергии, обусловливать более тяжелое течение неспецифических заболеваний легких и являться причиной обострения хронической бронхолегочной патологии у взрослых. Выделение этих возбудителей с помощью традиционного бактериологического исследования мокроты невозможно. Бета-лактамные антибиотики и аминогликозиды не оказывают на них действия.
В настоящее время разработаны чувствительные методы этиологической диагностики этих пневмоний( Методы ИФА И ПЦР) и имеются эффективные антибиотики для их лечения — макролиды, фторхинолоны и тетрациклиныюю Несмотря на это, наблюдаются трудности в лечении микоплазменных и хламидийных пневмоний. В литературе указывается, что у лиц, переболевших микроплазменной или хламидийной пневмонией, отмечались повторные инфекции дыхательных путей, протекающие с обструкцией, тенденцией к затяжному течению и рецидивированию Это связано с тем, что их развитие, как правило, происходит на фоне снижения антиинфекционной резистентности организма, обусловленного угнетением иммунитета. При этом микоплазмы и хламидии на разных стадиях развития располагаются как внутриклеточно, так и внеклеточно, что требует для их элиминации участия гуморальных и клеточных механизмов иммунитета. Большинство антимикробных средств действует преимущественно на внеклеточную форму возбудителей. В этой ситуации создаются условия для персистенции возбудителя, диссеминации его в организме, хронизации процесса, формирования осложнений. Кроме того, применение антимикробных средств без иммунокоррегирующей терапии у многих больных приводит к временному подавлению возбудителей; на фоне такой терапии происходит сохранение и даже усугубление иммунологических расстройств, что повышает риск рецидива заболеваний. Все это требует комплексного подхода к терапии пневмоний микроплазменной и хламидийной этиологии, включающей, помимо антимикробных средств, препараты, направленные на коррекцию иммунного ответа.